Grub 2 se liší od grubu 1.x. Hlavní konfigurační soubor který grub2 používá pří startování počítače se jmenuje /boot/grub/grub.cfg. Tento soubor se neupravuje ručně, ale je generován automaticky, programem /usr/sbin/grub-mkconfig podle informací v souboru /etc/default/grub a informací v adresáři /etc/grub.d.