Standardním způsobem jak dostat sketch do arduina je použít USB/Serial připojení které využívá bootloaderu nahraného v čipu.

Pokud chceme nahrávat sketche pomocí ISP konektoru a programátoru, musíme si upravit konfiguraci. To znamená ručně editovat soubor ~/.arduino/preferences.txt. V tomto souboru vyhledáme řádek s volbou upload.using a přepíšeme hodnotu podle toho jaký programátor máme. Seznam podporovaných programátorů je v souboru hardware/arduino/programmers.txt v distriubuci IDE Arduino. V mém případě, kdy jsem si postavil programátor na základě arduina jsem tam uvedl:

upload.using=arduinoisp

Pokud se budeme chtít opět vrátit k sériovému bootloaderu, vrátíme volbu upload.using na původní hodnotu.

upload.using=bootloader

Musíme také nahrát do čipu bootloader!